Dieses Tutorium demonstriert die wesentlichen theoretischen und praktischen Schritte der Hauptkomponentenanalyse eines multivariaten, metrisch skalierten Datenssatzes, und einer aus dieser gegebenenfalls abgeleiteten Dimensionsreduktion des betrachteten Datensatzes. Das Tutorium basiert auf einer transparenten Darstellung aller relevanten Berechnungen mithilfe eines R-Skripts; vgl. R Core Team (2020).
Die Grundüberlegungen zur Hauptkomponentenanalyse und der Dimensionsreduktion wurden im Wesentlichen von Pearson (1901), Hotelling (1933) und Kaiser (1960) angestellt; siehe auch Hatzinger et al (2014), Hair et al (2010) oder Jolliffe (2002).
Die nachfolgenden Ausführungen gliedern sich in drei Teile. Zunächst wird ein trivariater Beispieldatensatz mit Messwerten zu drei metrisch skalierten Variablen geladen und mit Standardmethoden der Beschreibenden Statistik quantitativ charakterisiert und visualisiert (Abschnitte 2 bis 5). Dann wird die in der Linearen Algebra angesiedelte Methodik einer Hauptkomponentenanalyse bereitgestellt. Es handelt sich hierbei um die Eigenwertanalyse symmetrischer quadratischer Matrizen und deren Diagonalisierung durch bestimmte, aus den Eigenvektoren konstruierten Rotationstransformationen (Abschnitte 6 bis 10). (In der Analytischen Geometrie ist die hier angewendte Methodik als Hauptachsentransformation bekannt; vgl. Bronstein et al (2005).) Schließlich wird das auf der Eigenwertanalyse der Korrelationsmatrix aufbauende Verfahren der Dimensionsreduktion eines multivariaten Datensatzes dargestellt, hier für den Fall des trivariaten Beispieldatensatzes (Abschnitt 11).
Die nachfolgenden Ergebnisse werden erstellt mit R Version 4.0.2.
Danksagung: Hilfreiche Kommentare von Jana Orthey und Laurens van der Woude haben dazu beigetragen, dieses Tutorium adressatengerecht zu gestalten.
Für die Durchführung der Berechnungen und die Erstellung der Grafiken in diesem Tutorium werden die folgenden R-Pakete geladen:
library(tidyverse)
## -- Attaching packages --------------------------------------- tidyverse 1.3.0 --
## v ggplot2 3.3.2 v purrr 0.3.4
## v tibble 3.0.3 v dplyr 1.0.0
## v tidyr 1.1.0 v stringr 1.4.0
## v readr 1.3.1 v forcats 0.5.0
## -- Conflicts ------------------------------------------ tidyverse_conflicts() --
## x dplyr::filter() masks stats::filter()
## x dplyr::lag() masks stats::lag()
library(zinsszenarien)
library(plotly)
##
## Attaching package: 'plotly'
## The following object is masked from 'package:ggplot2':
##
## last_plot
## The following object is masked from 'package:stats':
##
## filter
## The following object is masked from 'package:graphics':
##
## layout
library(psych)
##
## Attaching package: 'psych'
## The following objects are masked from 'package:ggplot2':
##
## %+%, alpha
library(REdaS)
## Loading required package: grid
library(GGally)
## Warning: package 'GGally' was built under R version 4.0.3
## Registered S3 method overwritten by 'GGally':
## method from
## +.gg ggplot2
X-Matrix)Der in diesem Tutorium als konkretes Beispiel herangezogene trivariate Datensatz umfasst Messwerte zu den drei metrisch skalierten Variablen Körpergröße [cm], Masse [kg] und Alter [yr] für eine Stichprobe von 187 volljährigen Frauen umfasst. Diese Information befindet sich in einem größeren Datensatz nach Howell (2001), der nun geladen wird.1
load("testData.RData")
str(object = testData)
## 'data.frame': 544 obs. of 4 variables:
## $ height: num 152 140 137 157 145 ...
## $ weight: num 47.8 36.5 31.9 53 41.3 ...
## $ age : num 63 63 65 41 51 35 32 27 19 54 ...
## $ male : int 1 0 0 1 0 1 0 1 0 1 ...
Es folgt das Ausfiltern des eigentlichen trivariaten Datensatzes, den Messwerten zu den drei Variablen Körpergröße [cm], Masse [kg] und Alter [yr] für eine Stichprobe von Frauen ab 18 Jahren.
X <- testData %>% filter(.data = ., age >= 18 & male == 0)
colnames(X) <- c("height [cm]", "mass [kg]", "age [yr]", "male")
str(object = X)
## 'data.frame': 187 obs. of 4 variables:
## $ height [cm]: num 140 137 145 149 148 ...
## $ mass [kg] : num 36.5 31.9 41.3 38.2 34.9 ...
## $ age [yr] : num 63 65 51 32 19 47 73 20 65.3 31 ...
## $ male : int 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
Die Datenmatrix X ist die Rohdatenmatrix der in diesem Tutorium beschriebenen theoretischen und praktischen Betrachtung.
X per 3D-StreudiagrammDer trivariate Datensatz in X wird zunächst über ein 3D-Streudiagramm visualisiert. Dies wird ermöglicht durch die Funktion plot_ly() aus dem Paket plotly. (Zu beachten ist hier die Tatsache einer nicht der mathematischen Konvention entsprechenden Orientierung der Maßskala entlang der “x”-Achse; das resultierende Koordinatensystem ist nicht rechtshändisch orientiert.)
fig1 <- plot_ly(data = as.data.frame(X), type = "scatter3d", x = X[, 1], y = X[,
2], z = X[, 3], mode = "markers", size = 1) %>% layout(title = "Rohdaten in X (Originalmaßskalen)",
scene = list(xaxis = list(title = "Körpergröße [cm]"), yaxis = list(title = "Masse [kg]"),
zaxis = list(title = "Alter [yr]")))
fig1
## Warning: `arrange_()` is deprecated as of dplyr 0.7.0.
## Please use `arrange()` instead.
## See vignette('programming') for more help
## This warning is displayed once every 8 hours.
## Call `lifecycle::last_warnings()` to see where this warning was generated.
X per StreudiagrammmatrixDer trivariate Datensatz in X wird zusätzlich mithilfe einer Streudiagrammmatrix visualisiert. Die einzelnen Streudiagramme entsprechen Projektionen der Punktewolke im 3D-Streudiagramm auf horizontal und vertikal orientierte 2D Schnittebenen. Hierfür wird die Funktion ggpairs() aus dem Paket GGally verwendet.
ggpairs(data = X[, 1:3])
Wie die Diagramme auf der Diagonalen der Streudiagrammmatrix qualitativ suggerieren, erscheinen die Messwerte zu den Variablen Körpergröße [cm] und Masse [kg] in der Stichprobe näherungsweise normalverteilt zu sein, jene zu der Variablen Alter [yr] hingegen nicht.
XFür die Messwerte zu jeder der drei Variablen in X werden die folgenden beschreibenden statistischen Kennzahlen berechnet:
apply(X = X[, 1:3], MARGIN = 2, FUN = mean)
## height [cm] mass [kg] age [yr]
## 149.51352 41.81419 40.71230
apply(X = X[, 1:3], MARGIN = 2, FUN = sd)
## height [cm] mass [kg] age [yr]
## 5.084577 5.387917 16.219897
zinsszenarien:::stand.schiefe(X[, 1:3])
## height [cm] mass [kg] age [yr]
## 0.0205191 1.7939789 3.3003240
zinsszenarien:::stand.woelbung(X[, 1:3])
## height [cm] mass [kg] age [yr]
## -0.6688236 -0.9719034 -1.3598265
Sofern sowohl das standardisierte Schiefe- als auch das standardisierte Wölbungsmaß einen Wert innerhalb eines Intervalls mit den Grenzen Q0,025 = -1,96 und Q0,975 = +1,96 gemäß dem zentralen 95 %-Wahrscheinlichkeitsbereich für eine standardnormalverteilte Größe annehmen, kann entsprechend einer in der Statistik gepflegten Konvention von näherungsweise normalverteilten univariaten Daten ausgegangen werden; vgl. Hair et al (2010). Wie die erhaltenen Ergebnisse zeigen, trifft das im betrachteten trivariaten Datensatz für die Variablen Körpergröße [cm] und Masse [kg] zu, nicht aber für die Variable Alter [yr], deren beobachtete Verteilung als rechtsschief zu klassifizieren ist; vgl. die Streudiagrammmatrix oben.
zinsszenarien:::ausreisser(X[, 1:3])
## height [cm] mass [kg] age [yr]
## 0 1 0
zinsszenarien:::extremwerte(X[, 1:3])
## height [cm] mass [kg] age [yr]
## 0 0 0
zinsszenarien:::sechs_sigma_ereignisse(X[, 1:3])
## height [cm] mass [kg] age [yr]
## 0 0 0
Z-Matrix)Es folgt die Transformation der Rohdaten in X auf eine gemeinsame dimensionslose Maßskala, auf welcher Messwerte als Abweichungen vom Mittelwert in Vielfachen der Standardabweichung kodiert werden.
Z <- scale(x = X[, c("height [cm]", "mass [kg]", "age [yr]")], center = TRUE, scale = TRUE)
colnames(Z) <- c("height_std [1]", "mass_std [1]", "age_std [1]")
dim(Z)
## [1] 187 3
head(x = Z)
## height_std [1] mass_std [1] age_std [1]
## [1,] -1.9300562 -0.9889505 1.3740963
## [2,] -2.5544936 -1.8466045 1.4974016
## [3,] -0.8060688 -0.0997265 0.6342642
## [4,] -0.0567439 -0.6627263 -0.5371365
## [5,] -0.3065189 -1.2888663 -1.3386213
## [6,] 0.9423560 1.4998244 0.3876535
Als Folge des Standardisierens haben die univariaten Daten zu jeder der drei Variablen in der Datenmatrix Z einen Mittelwert von 0 und eine Standardabweichung von 1. Dieser Sachverhalt wird in Kürze explizit betrachtet werden.
Die Datenmatrix Z der standardisierten Messwerte (“z-Werte”) bildet die Grundlage der nachfolgenden Analyseschritte.
Z per 3D-Streudiagrammfig2 <- plot_ly(data = as.data.frame(Z), type = "scatter3d", x = Z[, 1], y = Z[,
2], z = Z[, 3], mode = "markers", size = 1) %>% layout(title = "Standardisierte Daten in Z (Einheitsmaßskala)",
scene = list(xaxis = list(title = "Körpergröße std [1]"), yaxis = list(title = "Masse std [1]"),
zaxis = list(title = "Alter std [1]")))
fig2
Z per Streudiagrammmatrixggpairs(data = as.data.frame(Z))
Wie diese Streudiagrammmatrix im Vergleich zu jener oben für die ursprünglichen Messwerte qualitativ zeigt, sind durch das Standardisieren deren zentrale uni- und bivariate (und trivariate) Verteilungseigenschaften unverändert geblieben. (Andernfalls würde es sich um einen illegitimen Analyseschritt handeln.) Diesen Sachverhalt belegt auch der nächste Analyseschritt.
ZErneut werden beschreibende statistische Kennzahlen berechnet, nun für die Daten in Z (“z-Werte”):
apply(X = Z, MARGIN = 2, FUN = mean) %>% round(x = ., digits = 4)
## height_std [1] mass_std [1] age_std [1]
## 0 0 0
apply(X = Z, MARGIN = 2, FUN = sd)
## height_std [1] mass_std [1] age_std [1]
## 1 1 1
zinsszenarien:::stand.schiefe(Z)
## height_std [1] mass_std [1] age_std [1]
## 0.0205191 1.7939789 3.3003240
zinsszenarien:::stand.woelbung(Z)
## height_std [1] mass_std [1] age_std [1]
## -0.6688236 -0.9719034 -1.3598265
Z für eine HauptkomponentenanalyseDie Eignung des trivariaten Datensatzes für eine Hauptkomponentenanalyse wird mit Bartletts (1951) Test auf Sphärizität sowie mit den standardisierten KMO- und MSA-Maßen nach Kaiser, Meyer und Olkin (KMO) untersucht; vgl. Kaiser (1970), Guttman (1953) und Hatzinger et al (2014). Hierfür werden die Funktionen bart_spher() und KMO() aus dem Paket REdaS verwendet.
Bartletts (1951) frequentistischer Nullhypothesentest unterzieht die Grundannahme der Sphärizität der Einhüllenden der durch die Daten in Z gegebenen Punktewolke im Euklidischen Raum R3 einer empirischen Überprüfung. Im vorliegenden Fall liefert dies das folgende Resultat:
bart_spher(x = Z)
## Bartlett's Test of Sphericity
##
## Call: bart_spher(x = Z)
##
## X2 = 100.12
## df = 3
## p-value < 2.22e-16
Entsprechend dem erhaltenen p-Wert kann die Nullhypothese zu einem Signifikanzniveau von 0,01 verworfen werden. Mit großer Wahrscheinlichkeit ist die empirisch attestierte Deformation der Einhüllenden nicht zufälliger Natur. Von Nichtspherizität der Einhüllenden kann ausgegangen werden, was in diesem Beispiel für die grundsätzlich Sinnhaftigkeit der Durchführung einer Hauptkomponentenanalyse spricht.2
Die standardisierten KMO- und MSA-Maße nehmen für die Daten in Z folgende Werte an:
kmoZ <- KMOS(x = Z)
print(x = kmoZ, stats = "KMO")
##
## Kaiser-Meyer-Olkin Statistic
## Call: KMOS(x = Z)
##
## KMO-Criterion: 0.5478232
print(x = kmoZ, stats = "MSA", sort = TRUE, digits = 7, show = 1:3)
##
## Kaiser-Meyer-Olkin Statistics
##
## Call: KMOS(x = Z)
##
## Measures of Sampling Adequacy (MSA):
## mass_std [1] height_std [1] age_std [1]
## 0.5309161 0.5327821 0.7749174
Das KMO-Maß bezieht sich auf den gesamten (hier trivariaten) Datensatz, das MSA-Maß individuell jede der beteiligten Variablen. Empfohlen werden für die standardisierten KMO- und MSA-Maße, deren Wertespektra sich über das Intervall [0; 1] erstrecken, Werte zwischen 0,8 und 1,0; vgl. Hatzinger et al (2014) und Hair et al (2010). In dieser Hinsicht stellt der hier betrachtete trivariate Datensatz in Z ein Negativbeispiel bzgl. der Eignung für eine Hauptkomponentenanalyse dar.
R-Matrix) und ihrer InversenDie Korrelationsmatrix R des betrachteten trivariaten Datensatzes in X ist gegeben durch:
Rmat <- (1 / (nrow(Z) - 1)) * t(Z) %*% Z
Rmat
## height_std [1] mass_std [1] age_std [1]
## height_std [1] 1.0000000 0.6202596 -0.1863417
## mass_std [1] 0.6202596 1.0000000 -0.2308225
## age_std [1] -0.1863417 -0.2308225 1.0000000
Die Korrelationsmatrix R besitzt eine von Null verschiedene Determinante und ist somit regulär. Folglich existiert eine Inverse, die hier der Vollständigkeit halber angegeben wird.
det(x = Rmat)
## [1] 0.5806328
RmatInv <- solve(Rmat)
RmatInv
## height_std [1] mass_std [1] age_std [1]
## height_std [1] 1.63049873 -0.9941702 0.07435314
## mass_std [1] -0.99417018 1.6624566 0.19847692
## age_std [1] 0.07435314 0.1984769 1.05966802
Die Spur der Korrelationsmatrix R beträgt
sum(diag(x = Rmat))
## [1] 3
Sie entspricht somit genau der Anzahl von Variablen im betrachteten trivariaten Datensatz in X.
Die drei Eigenwerte der Korrelationsmatrix R sind
evAnaCor <- eigen(x = Rmat, symmetric = "TRUE")
evAnaCor$values
## [1] 1.7382412 0.8838105 0.3779482
sum(evAnaCor$values)
## [1] 3
und summieren sich genau zu der Anzahl von Variablen im betrachteten trivariaten Datensatzes in X. Die drei paarweise orthogonalen, normierten Eigenvektoren der Korrelationsmatrix R sind (spaltenweise von links nach rechts)3
evAnaCor$vectors
## [,1] [,2] [,3]
## [1,] -0.6504363 0.3033698 0.69634715
## [2,] -0.6625952 0.2215906 -0.71544756
## [3,] 0.3713492 0.9267494 -0.05688085
Diese werden auch die Hauptkomponenten der Korrelationsmatrix R genannt. Sie spannen die Eigenorthonormalbasis der Korrelationsmatrix R im Euklidischen Raum R3 auf; vgl. Bronstein et al (2005).
Mit Bezug auf Kaisers (1960) Eigenwertkriterium wird festgestellt, dass im vorliegenden Beispiel nur einer der drei Eigenwerte der Korrelationsmatrix R größer 1 ist, dementsprechend also nur eine dominante Hauptkomponente der Korrelationsmatrix R vorliegt.
Der Erklärungswert der einzelnen Eigenwerte (Hauptkomponenten) an der Gesamtvarianz des betrachteten standardisierten trivariaten Datensatzes in Z beläuft sich auf
round(evAnaCor$values / sum(evAnaCor$values) , 4)
## [1] 0.5794 0.2946 0.1260
also 57,94 %, 29,46 % und 12,60 %, und kumuliert auf
round(cumsum(evAnaCor$values) / sum(evAnaCor$values) , 4)
## [1] 0.5794 0.8740 1.0000
Auf die Interpretation dieser Eigenwerte wird im nachfolgenden Abschnitt eingegangen.
V-Matrix), Eigenwertdiagonalmatrix (Lambda-Matrix) und inverse EigenwertdiagonalmatrixAus den drei Eigenvektoren der Korrelationsmatrix R wird eine orthogonale Rotationsmatrix V gebildet, mithilfe welcher Transformationen (im betrachteten Beispiel im Euklidischen Raum R3) in die rechtshändisch orientierte Eigenorthonormalbasis der Korrelationsmatrix R vorgenommen werden können. Die Determinante der Rotationsmatrix V hat den Wert
rotMatCor <- (-1) * evAnaCor$vectors # scaling by a factor of (-1)
rotMatCor
## [,1] [,2] [,3]
## [1,] 0.6504363 -0.3033698 -0.69634715
## [2,] 0.6625952 -0.2215906 0.71544756
## [3,] -0.3713492 -0.9267494 0.05688085
det(x = rotMatCor)
## [1] 1
Transformationen mit der Rotationsmatrix V sind folglich Volumen erhaltend.
Per Konstruktion genügt die Rotationsmatrix V den beiden Orthogonalitätstests:
round(t(rotMatCor) %*% rotMatCor, 4)
## [,1] [,2] [,3]
## [1,] 1 0 0
## [2,] 0 1 0
## [3,] 0 0 1
round(rotMatCor %*% t(rotMatCor), 4)
## [,1] [,2] [,3]
## [1,] 1 0 0
## [2,] 0 1 0
## [3,] 0 0 1
Durch Diagonalisieren der Korrelationsmatrix R über Transformation mit der Rotationsmatrix V gelangt man zur Eigenwertdiagonalmatrix (Lambda-Matrix) gemäß
LambdaCor <- t(rotMatCor) %*% Rmat %*% rotMatCor
round(LambdaCor, 7)
## [,1] [,2] [,3]
## [1,] 1.738241 0.0000000 0.0000000
## [2,] 0.000000 0.8838105 0.0000000
## [3,] 0.000000 0.0000000 0.3779482
Die Eigenwertdiagonalmatrix Lambda ist nichts anderes als die Darstellung der Korrelationsmatrix R bzgl. ihrer Eigenorthonormalbasis im Euklidischen Raum R3.
Es folgt ein Konsistenztest für die Eigenwertdiagonalmatrix Lambda:
round(LambdaCor - diag(x = evAnaCor$values), 4)
## [,1] [,2] [,3]
## [1,] 0 0 0
## [2,] 0 0 0
## [3,] 0 0 0
Die Inverse der Eigenwertdiagonalmatrix Lambda wird durch
LambdaCorInv <- diag(x = (1 / evAnaCor$values))
LambdaCorInv
## [,1] [,2] [,3]
## [1,] 0.5752941 0.000000 0.000000
## [2,] 0.0000000 1.131464 0.000000
## [3,] 0.0000000 0.000000 2.645865
berechnet.
Die drei Eigenwerte der Korrelationsmatrix R entsprechen den Varianzen der Daten in Z entlang jeder der durch die Eigenorthonormalbasis der Korrelationsmatrix R vorgegebenen drei Richtungen im Euklidischen Raum R3. Die nächste Betrachtung verdeutlicht diesen Sachverhalt. Transformation der Daten in Z in die Eigenorthonormalbasis der Korrelationsmatrix R
Zrot <- Z %*% rotMatCor
und eine daran anschließende Visualisierung der resultierenden Daten in Zrot per 3D-Streudiagramm liefern
fig3 <- plot_ly(data = as.data.frame(Zrot), type = "scatter3d", x = Zrot[, 1], y = Zrot[,
2], z = Zrot[, 3], mode = "markers", size = 1) %>% layout(title = "Standardisierte Daten bzgl. Eigenorthonormalbasis von R",
scene = list(xaxis = list(title = "Zrot1 [1]"), yaxis = list(title = "Zrot2 [1]"),
zaxis = list(title = "Zrot3 [1]")))
fig3
Die nun ausgeführte Berechnung der Varianzen der Daten in Zrot führt zu
apply(X = Zrot, MARGIN = 2, FUN = var)
## [1] 1.7382412 0.8838105 0.3779482
also zu dem behaupteten Ergebnis. Beachte: Die Daten in den Spalten von Zrot sind paarweise unkorrelliert
round(cor(x = Zrot), 4)
## [,1] [,2] [,3]
## [1,] 1 0 0
## [2,] 0 1 0
## [3,] 0 0 1
A-Matrix)Die Hauptkomponentenladungsmatrix A liefert die Antwort auf die Frage: Wie stark korrelieren die drei Ausgangsvariablen Körpergröße, Masse und Alter mit den hier bestimmten drei Hauptkomponenten (Eigenvektoren von R)?
AmatCor <- rotMatCor %*% LambdaCor ^ (1 / 2)
rownames(AmatCor) <- c("height", "mass", "age")
colnames(AmatCor) <- c("PC1", "PC2", "PC3")
AmatCor
## PC1 PC2 PC3
## height 0.8575507 -0.2852016 -0.42809679
## mass 0.8735813 -0.2083199 0.43983925
## age -0.4895956 -0.8712482 0.03496889
Dass die Hauptkomponentenladungsmatrix A in der Tat formal als eine Korrelationsmatrix interpretiert werden, wird weiter unten deutlich werden.
Die Hauptkomponentenladungsmatrix A erfüllt zwei Konsistenztests:
R lässt sich mithilfe der Hauptkomponentenladungsmatrix A faktorisieren:round(Rmat - AmatCor %*% t(AmatCor), 4)
## height_std [1] mass_std [1] age_std [1]
## height_std [1] 0 0 0
## mass_std [1] 0 0 0
## age_std [1] 0 0 0
Lambda lässt sich mithilfe der Hauptkomponentenladungsmatrix A faktorisieren:round(LambdaCor - t(AmatCor) %*% AmatCor, 4)
## PC1 PC2 PC3
## PC1 0 0 0
## PC2 0 0 0
## PC3 0 0 0
F-Matrix)Es folgt die Transformation des standardisierten trivariaten Datensatzes in Zin die Eigenorthonormalbasis der Korrelationsmatrix R mit der einer Konvention der Statistik entsprechenden Maßgabe, dass die resultierenden Daten gleichfalls standardisiert sind. Für die Umsetzung dieses Anliegens wird eine durch die Rotationsmatrix V beschriebene, Volumen erhaltende Drehung des Ausgangskoordinatensystems4 mit einer Volumen verändernden Reskalierung der Koordinatenachsen mithilfe der (Wurzel der) Inversen der Eigenwertdiagonalmatrix Lambda kombiniert. Diese kombinierte Transformation definiert die F-Matrix5
FmatCor <- Z %*% rotMatCor %*% LambdaCorInv^(1/2)
colnames(FmatCor) <- c("PC1_std [1]", "PC2_std [1]", "PC3_std [1]")
dim(FmatCor)
## [1] 187 3
head(x = FmatCor)
## PC1_std [1] PC2_std [1] PC3_std [1]
## [1,] -1.8362245 -0.4986426 1.1623874
## [2,] -2.6100451 -0.2165376 0.8829885
## [3,] -0.6264361 -0.3416280 0.8556499
## [4,] -0.2097674 0.7040217 -0.7566757
## [5,] -0.4219218 1.7223008 -1.2765885
## [6,] 1.1094795 -1.0397559 0.7139017
die standardisierte und per Konstruktion paarweise unkorrelierte, so genannte “f-Werte” enthält.
F-MatrixFolgende Konsistenztests können für die F-Matrix durchgeführt werden:
proxy4 <- (1 / (nrow(FmatCor) - 1)) * t(FmatCor) %*% FmatCor
round(diag(rep(1, nrow(proxy4))) - proxy4, 4)
## PC1_std [1] PC2_std [1] PC3_std [1]
## PC1_std [1] 0 0 0
## PC2_std [1] 0 0 0
## PC3_std [1] 0 0 0
A-Matrix repräsentieren, als algebraische Projektionen von standardisierten “z-Werten” auf standardisierte “f-Werte”, bivariate Korrelationen zwischen den Ausgangsvariablen und den Hauptkomponenten (vgl. die Bemerkungen zu Beginn von Abschnitt 9):round(AmatCor - (1 / (nrow(Z) - 1)) * t(Z) %*% FmatCor, 4)
## PC1 PC2 PC3
## height 0 0 0
## mass 0 0 0
## age 0 0 0
head(x = round(Z - FmatCor %*% t(AmatCor), 4))
## height_std [1] mass_std [1] age_std [1]
## [1,] 0 0 0
## [2,] 0 0 0
## [3,] 0 0 0
## [4,] 0 0 0
## [5,] 0 0 0
## [6,] 0 0 0
tail(x = round(Z - FmatCor %*% t(AmatCor), 4))
## height_std [1] mass_std [1] age_std [1]
## [182,] 0 0 0
## [183,] 0 0 0
## [184,] 0 0 0
## [185,] 0 0 0
## [186,] 0 0 0
## [187,] 0 0 0
F per 3D-Streudiagrammfig4 <- plot_ly(data = as.data.frame(FmatCor), type = "scatter3d", x = FmatCor[,
1], y = FmatCor[, 2], z = FmatCor[, 3], mode = "markers", size = 1) %>% layout(title = "Standardisierte Daten in F (Einheitsmaßskala)",
scene = list(xaxis = list(title = "HKA1 std [1]"), yaxis = list(title = "HKA2 std [1]"),
zaxis = list(title = "HKA3 std [1]")))
fig4
F per Streudiagrammmatrixggpairs(data = as.data.frame(FmatCor))
Die Streudiagrammmatrix verdeutlicht ebenfalls das paarweise Nichtkorreliertsein der den einzelnen Hauptkomponenten zugeordneten “f-Werten”.
Im Anschluss an die umfangreiche Diskussion der für eine Hauptkomponentenanalyse eines multivariaten metrisch skalierten Datensatzes benötigten linear-algebraischen Methodik, wird nun abschließend das Vorgehen bei einer Dimensionsreduktion vorgestellt.
Die Dimensionsreduktion wird in der Eigenorthonormalbasis der Korrelationsmatrix R vorgenommen. Verkürzt dargestellt, werden von den “f-Werten” nur jene beibehalten, welche den dominanten Hauptkomponenten zugeordnet sind. Alle Restlichen werden verworfen; ein damit verbundener Informationsverlust wird zugunsten einer geringeren Komplexität des gegebenen Sachverhalts in Kauf genommen. Die verbleibenden “f-Werte” werden in die Ausgangsorthonormalbasis rücktransformiert und dann bezüglich der Originalmaßskalen dargestellt. Die so erhaltenen dimensionsreduzierten Messwerte bilden den Ausgangspunkt möglicher weiterer statistischer Anwendungen.6
Das R-Paket psych stellt die Funktion VSS.scree() zur Erstellung eines Gerölldiagramms nach Cattell (1966) bereit.
VSS.scree(rx = Z)
Zu extrahieren ist nach erfahrungsbasierter Empfehlung jene Anzahl von Hauptkomponenten, deren Eigenwerte im Gerölldiagramm links des “Ellbogens” zu liegen kommen; im betrachteten Beipiel also einer. Dieses Resultat ist im vorliegeneden Fall konsistent mit Kaisers Eigenwertkriterium, welches die Extraktion aller Hauptkomponenten der Korrelationsmatrix R mit einem Eigenwert größer 1 empfiehlt.
Beispielhaft wird im Rahmen der weiteren Diskussion eine Dimensionsreduktion für den gegebenen trivariaten Datensatz in X auf Basis der Extraktion der einzigen dominanten Hauptkomponente der Korrelationsmatrix R demonstriert.
Das Vorgehen bei einer Dimensionsreduktion spiegelt sich insbesondere in den Matrizen der beschriebenen linear-algebraischen Methodik wieder.
Rmit Eigenwerten größer 1 werden zur Konstruktion der Rotationsmatrix verwendet:rotMatCorRed <- as.matrix((-1) * evAnaCor$vectors[, 1])
rotMatCorRed
## [,1]
## [1,] 0.6504363
## [2,] 0.6625952
## [3,] -0.3713492
R durch Transformation mit der dimensionsreduzierten Rotationsmatrix:LambdaCorRed <- t(rotMatCorRed) %*% Rmat %*% rotMatCorRed
LambdaCorRed
## [,1]
## [1,] 1.738241
LambdaCorRedInv <- solve(LambdaCorRed)
LambdaCorRedInv
## [,1]
## [1,] 0.5752941
AmatCorRed <- rotMatCorRed %*% LambdaCorRed ^ (1 / 2)
AmatCorRed
## [,1]
## [1,] 0.8575507
## [2,] 0.8735813
## [3,] -0.4895956
F-MatrixFmatCorRed <- Z %*% AmatCorRed %*% LambdaCorRedInv
dim(FmatCorRed)
## [1] 187 1
head(x = FmatCorRed)
## [,1]
## [1,] -1.8362245
## [2,] -2.6100451
## [3,] -0.6264361
## [4,] -0.2097674
## [5,] -0.4219218
## [6,] 1.1094795
(1 / (nrow(FmatCorRed) - 1)) * t(FmatCorRed) %*% FmatCorRed
## [,1]
## [1,] 1
Die in der dimensionsreduzierten F-Matrix verbliebenen “f-Werte” werden in die Ausgangsorthonormalbasis rücktransformiert und bezüglich der Originalmaßskalen ausgedrückt. Zu illustrativen Zwecken werden sie hier stichprobenartig mit den nichtdimensionsreduzierten “z-Werten” bzw. den ursprünglichen Messwerten verglichen.
Zapprox <- FmatCorRed %*% t(AmatCorRed)
colnames(Zapprox) <- c("height_std [1]", "mass_std [1]", "age_std [1]")
head(x = Z)
## height_std [1] mass_std [1] age_std [1]
## [1,] -1.9300562 -0.9889505 1.3740963
## [2,] -2.5544936 -1.8466045 1.4974016
## [3,] -0.8060688 -0.0997265 0.6342642
## [4,] -0.0567439 -0.6627263 -0.5371365
## [5,] -0.3065189 -1.2888663 -1.3386213
## [6,] 0.9423560 1.4998244 0.3876535
head(x = Zapprox)
## height_std [1] mass_std [1] age_std [1]
## [1,] -1.5746556 -1.6040913 0.8990074
## [2,] -2.2382460 -2.2800865 1.2778665
## [3,] -0.5372007 -0.5472428 0.3067003
## [4,] -0.1798862 -0.1832489 0.1027012
## [5,] -0.3618193 -0.3685830 0.2065711
## [6,] 0.9514349 0.9692205 -0.5431963
tail(x = Z)
## height_std [1] mass_std [1] age_std [1]
## [182,] 1.3170185 0.4106565 -0.4754839
## [183,] -0.6811813 -0.4469974 -0.2042121
## [184,] 0.5676935 -0.1839134 0.5109589
## [185,] 2.5658933 0.9683947 -0.8453999
## [186,] -1.3056188 -1.4046233 -0.5987892
## [187,] 1.3170185 2.2732915 -1.2153159
tail(x = Zapprox)
## height_std [1] mass_std [1] age_std [1]
## [182,] 0.84901854 0.86488963 -0.48472437
## [183,] -0.43150557 -0.43957190 0.24635654
## [184,] 0.03749388 0.03819477 -0.02140612
## [185,] 1.70709764 1.73900920 -0.97462164
## [186,] -1.01309268 -1.03203088 0.57839810
## [187,] 1.83046773 1.86468550 -1.04505648
Dies erfordert eine Rücktransformation (Destandardisierung) der Daten in Z auf die ursprünglich für die drei Variablen Körpergröße, Masse und Alter verwendeten Maßskalen:
b <- attr(x = Z , "scaled:scale")
a <- attr(x = Z , "scaled:center")
Xapp_int <-
Zapprox * rep(b , each = nrow(Zapprox)) + rep(a , each = nrow(Zapprox))
XapproxCor <- data.frame(Xapp_int)
colnames(XapproxCor) <- c("height [cm]", "mass [kg]", "age [yr]")
head(x = X[, 1:3])
## height [cm] mass [kg] age [yr]
## 1 139.700 36.48581 63
## 2 136.525 31.86484 65
## 3 145.415 41.27687 51
## 4 149.225 38.24348 32
## 5 147.955 34.86988 19
## 6 154.305 49.89512 47
head(x = XapproxCor)
## height [cm] mass [kg] age [yr]
## 1 141.5071 33.17148 55.29411
## 2 138.1330 29.52927 61.43916
## 3 146.7821 38.86569 45.68695
## 4 148.5989 40.82686 42.37810
## 5 147.6738 39.82830 44.06286
## 6 154.3512 47.03627 31.90171
tail(x = X[, 1:3])
## height [cm] mass [kg] age [yr]
## 182 156.210 44.02677 33.0
## 183 146.050 39.40581 37.4
## 184 152.400 40.82328 49.0
## 185 162.560 47.03182 27.0
## 186 142.875 34.24620 31.0
## 187 156.210 54.06250 21.0
tail(x = XapproxCor)
## height [cm] mass [kg] age [yr]
## 182 153.8304 46.47414 32.85012
## 183 147.3195 39.44581 44.70818
## 184 149.7042 42.01998 40.36509
## 185 158.1934 51.18383 24.90404
## 186 144.3624 36.25369 50.09386
## 187 158.8207 51.86096 23.76159
fig5 <- plot_ly(data = as.data.frame(Zapprox), type = "scatter3d", x = Zapprox[,
1], y = Zapprox[, 2], z = Zapprox[, 3], mode = "markers", size = 1) %>% layout(title = "Dimensionsreduzierte standardisierte Daten in Zapprox",
scene = list(xaxis = list(title = "Körpergröße std [1]"), yaxis = list(title = "Masse std [1]"),
zaxis = list(title = "Alter std [1]")))
fig5
fig6 <- plot_ly(data = as.data.frame(XapproxCor), type = "scatter3d", x = XapproxCor[,
1], y = XapproxCor[, 2], z = XapproxCor[, 3], mode = "markers", size = 1) %>%
layout(title = "Dimensionsreduzierte Daten in XapproxCor (Originalmaßskalen)",
scene = list(xaxis = list(title = "Körpergröße [cm]"), yaxis = list(title = "Masse [kg]"),
zaxis = list(title = "Alter [yr]")))
fig6
ggpairs(data = as.data.frame(Zapprox))
ggpairs(data = XapproxCor)
Im vorliegenden Beispiel führt die Dimensionsreduktion zu einem Extremfall; der betrachtete trivariate Datensatz in X wurde zu einem effektiv univariaten Datensatz reduziert, welcher 57,94 % der Gesamtvarianz des Ausgangsdatensatzes zu erklären vermag. Im dimensionsreduzierten Datensatz liegen maximal (minimal) mögliche Werte für die bivariaten Korrelationen zwischen den drei Ausgangsvariablen vor.
M S Bartlett (1951) The effect of standardization on a chi square approximation in factor analysis Biometrika 38 337–344 DOI: https://doi.org/10.1093/biomet/38.3-4.337
I N Bronstein, K A Semedjajew, G Musiol und H Mühlig (2005) Taschenbuch der Mathematik 6. Aufl. (Frankfurt (Main): Harri Deutsch) ISBN–10: 3817120060
R B Cattell (1966) The scree test for the number of factors Multivariate Behavioral Research 1 629–637 DOI: https://doi.org/10.1207/s15327906mbr0102_10
H van Elst (2019) Foundations of descriptive and inferential statistics (version 4) Preprint http://arxiv.org/abs/1302.2525
L Guttman (1953) Image theory for the structure of quantitative variates Psychometrika 18 277–296 DOI: https://doi.org/10.1007/BF02289264
J F Hair jr, W C Black, B J Babin and R E Anderson (2010) Multivariate Data Analysis 7th Edition (Upper Saddle River, NJ: Pearson) ISBN–13: 9780135153093
R Hatzinger, K Hornik, H Nagel und M J Maier (2014) R — Einführung durch angewandte Statistik 2. Aufl. (München: Pearson Studium) ISBN–13: 9783868942507
H Hotelling (1933) Analysis of a complex of statistical variables into principal components Journal of Educational Psychology 24 417–441 DOI: https://doi.org/10.1037/h0071325
N Howell (2001) Demography of the Dobe !Kung 2nd Edition (Abingdon, Oxon: Routledge) ISBN–13: 9780202306490
D N Joanes and C A Gill (1998) Comparing measures of sample skewness and kurtosis The Statistician 47 183–189 DOI: https://doi.org/10.1111/1467-9884.00122
I T Jolliffe (2002) Principal Component Analysis 2nd Edition (New York: Springer) ISBN–10: 0387954422
H F Kaiser (1960) The application of electronic computers to factor analysis Educational and Psychological Measurement 20 141–151 DOI: http://dx.doi.org/10.1177/001316446002000116
H F Kaiser (1970) A second generation little jiffy Psychometrika 35 401–415 DOI: https://doi.org/10.1007/BF02291817
K Pearson (1901) LIII. On lines and planes of closest fit to systems of points in space Philosophical Magazine Series 6 2 559–572 DOI: https://doi.org/10.1080/14786440109462720
R Core Team (2020) R: A language and environment for statistical computing (Wien: R Foundation for Statistical Computing) URL (zitiert am 14. November 2020): https://www.R-project.org/}{https://www.R-project.org/
H Toutenburg (2004) Deskriptive Statistik 4. Aufl. (Berlin: Springer) ISBN–10: 3540222332
Der vollständige Originaldatensatz ist unter der URL https://tspace.library.utoronto.ca/handle/1807/10395 verfügbar.↩︎
Die Nichtspherizität der Einhüllenden der durch die Daten in Z gegebenen Punktewolke ließ sich bereits im oben erstellten 3D-Streudiagramm erkennen.↩︎
Bedauerlicherweise spukt R hier die Komponenten der drei Eigenvektoren nicht der mathematischen Konvention entsprechend als rechtshändisch orientierte Orthonormalbasis aus.↩︎
Die Auswirkungen alleine dieser Rotationstransformation auf die Daten in Z waren zuvor in Abschnitt 8 beschrieben und visualisiert worden.↩︎
Äquivalent kann die F-Matrix auch unter Einbinden der A-Matrix über FmatCor <- Z %*% AmatCor %*% LambdaCorInv berechnet werden.↩︎
Für die Umsetzung einer Dimensionsreduktion werden die F-Matrix bzw. die “f-Werte” nicht wirklich benötigt. Die in die Eigenorthonormalbasis der Korrelationsmatrix R transformierten “z-Werte” sind für dieses Anliegen vollkommen ausreichend. Das Standardisieren entspricht lediglich einer in der Statistik gepflegten, da häufig nützlichen, Konvention.↩︎